Hackathon bioinformatyczny w Łodzi

Dodano: 05 marca 2018

Programiści, analitycy danych, lekarze oraz naukowcy z obszaru biologii, medycyny i genetyki zmierzą się z wyzwaniami stawianymi przez genetykę podczas bioinformatycznego hackathonu, który między 18 a 20 maja odbędzie się w Łodzi. Rejestracja uczestników potrwa do 4 maja.

Źródło: www.naukawpolsce.pap.pl

Biohack, czy hackathon bioinformatyczny to impreza, podczas której na określony krótki czas zbierają się specjaliści z różnych branż i środowisk w celu wytworzenia rozwiązań przedstawionych problemów.

Taka mieszanka umiejętności, osobowości, różnych spojrzeń na problem, koncentracji na zadaniu oraz rywalizacji ma przyśpieszyć wytworzenie rozwiązania – zapowiada Paweł Śpiechowicz, rzecznik Uniwersytetu Łódzkiego, który obok Stowarzyszenie Boost BioTech jest organizatorem wydarzenia.

Tym razem programiści, graficy komputerowi, analitycy danych oraz naukowcy z obszaru biologii, medycyny, genetyki, a także lekarze zmierzą się z wyzwaniami stawianymi przez genetykę. Przykładem takiego wyzwania może być wytypowanie antygenów wirusa grypy sezonowej do szczepionki.

Eksperci przypominają, że grypa sezonowa jest niezwykle poważnym problemem zdrowotnym zarówno w Polsce jak i na świecie. W szczytowym okresie liczba zachorowań w Polsce sięga nawet 300 tys. tygodniowo. Wirus ten charakteryzuje się dużą zmiennością genetyczną co sprawia, że przygotowanie skutecznej szczepionki jest niezwykle istotne a jednocześnie trudne.

Celem zadania uczestników hackathonu jest opracowanie - w oparciu o dane genetyczne - zestawu antygenów (fragmentów białka rozpoznawalnych przez układ odpornościowy) umożliwiającego stworzenie skutecznej i uniwersalnej szczepionki przeciw grypie.

Jak wyjaśnia mgr inż. Błażej Marciniak z Wydziału Biologii i Ochrony Środowiska UŁ, szczepionkę trzeba znaleźć jak najszybciej, a nie jest to łatwe. Przed przystąpieniem do analiz należy wyszukać i pobrać odpowiednie sekwencje DNA wirusów zdeponowane w różnych światowych repozytoriach lub dostarczonych przez partnerów hackathonu.

– Dużą rolę odegra tu analiza białek, które pełnią rolę osłony wirusa. Sprawdzamy potem czy wybrane białka nie są zbyt podobne do ludzkich białek i czy nie mogłyby stanowić zagrożenia dla zdrowia pacjenta. Na końcu wybiera się najskuteczniejsze antygeny i przeprowadza się ich analizę strukturalną – wyjaśnił. Według niego, dzięki tak przeprowadzonym analizom można będzie wyprodukować określone antygeny, które po wcześniejszym sprawdzeniu w wielu testach przedklinicznych jak i klinicznych mogą być podane pacjentom w formie szczepionki.

Wytworzone w trakcie imprezy rozwiązania mają w przyszłości służyć opracowaniu lepszych szczepionek, znalezieniu alternatywy dla antybiotyków, bowiem coraz więcej szczepów bakterii staje się na nie opornych. Mogą służyć rozwojowi medycyny spersonalizowanej, wytworzeniu narzędzi przydatnych nie tylko w laboratorium, ale i w kryminalistyce. Zawodami i ich wynikami interesują się firmy związane z farmacją, genetyką, weterynarią, medycyną i przemysłem spożywczym.

Rejestracja uczestników - za pośrednictwem strony http://www.biohack.linuxpl.eu/ - trwa do północy 4 maja. Liczba miejsc jest ograniczona. W przypadku większej ilości zgłoszeń organizatorzy zastrzegają za sobą prawo doboru uczestników.

Bioinformatyka jest dziedziną wiedzy z pogranicza nauk biologicznych i informatyki. Z uwagi na ilość i złożoność danych dostarczanych przez urządzenia badawcze np. dotyczących genomu ludzkiego okazuje się, iż analiza danych staje się praktycznie niewykonalna przez człowieka. W związku z tym do rozwiązania problemów bioinformatycznych postanowiono wykorzystać komputery, a obecnie również sztuczną inteligencję.

PAP - Nauka w Polsce

szu/ ekr/